员工车辆在公司损坏，应由公司负责赔偿。依据《侵权责任法》，用人单位员工因工作任务造成损害，由用人单位担责。不及时处理可能导致公司面临法律诉讼和赔偿风险。
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员工车辆在公司损坏，常见处理方式是协商或诉讼。应先尝试与公司协商解决，协商不成时可考虑通过法律途径维护权益，提起诉讼。
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公司应赔偿。具体操作：1. 立即与公司沟通，明确损坏情况及责任；2. 协商赔偿金额和方式，签订赔偿协议；3. 若公司拒绝赔偿，收集证据，如监控、证人证言等；4. 咨询专业律师，准备法律材料，提起诉讼。