如果你在试用期内按照法律规定提前三天通知了药店想要离职，但药店不同意，这并不影响你离职的合法性。根据《劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这意味着，只要履行了提前通知的义务，你就有权解除劳动合同，药店的同意与否并不影响你的离职权利。如果药店因此产生纠纷，你可以通过劳动仲裁或法律途径维护自己的权益。
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如果药店在你离职时要求赔偿培训费用或其他损失，你应首先确认这些费用或损失是否由你的过错导致。若非因你过错，可拒绝赔偿。根据《劳动合同法》的相关规定，只有在特定情况下（如违反服务期约定等），用人单位才有权要求劳动者赔偿。若药店坚持要求赔偿，建议保存好相关证据，并咨询专业律师或通过劳动仲裁机构处理。
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离职时，为确保权益不受侵害，你应注意：一是确保提前三天书面通知药店，并保留好通知证据；二是与药店办理好工作交接，避免后续纠纷；三是检查工资、加班费等是否已结清，确保无经济纠纷；四是若药店要求签订离职协议，务必仔细阅读条款，确保无不利条款。如有疑虑，可咨询律师或劳动部门。