农村自建房不算首套房。
分析说明：从法律角度看，农村自建房的土地性质为集体所有，而商品房的土地性质为国有。因此，尽管农村自建房可能持有房产证，但由于其土地性质的不同，它不被视为首套房。首套房的认定通常与购买商品房相关，涉及贷款、税费等方面的考量。
提醒：若您在购买商品房时，因农村自建房问题导致首套房认定受阻，应及时咨询专业律师或相关机构，以维护自身合法权益。
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处理方式：
从法律角度讲，农村自建房不被视为首套房的问题，常见的处理方式包括了解首套房的认定标准、咨询专业律师或房产机构以及根据具体情况进行申诉或调整购房计划。
选择方式：您可以先自行了解首套房的认定标准，若存在疑问或不确定因素，建议咨询专业律师或房产机构以获取准确解答。根据咨询结果，您可以决定是否进行申诉或调整购房计划。
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具体操作：
1. 若您已拥有农村自建房并计划购买商品房，应首先明确首套房的认定标准，包括购房人名下没有单独或与他人共同购买的住房等条件。
2. 在购买商品房时，若因农村自建房问题导致首套房认定受阻，您可以咨询专业律师或房产机构，了解具体的法律政策和操作流程。
3. 若律师或房产机构认为您的农村自建房不影响首套房认定，但开发商或银行仍拒绝给予首套房待遇，您可以考虑进行申诉，提供相关证据以证明您的权益。
4. 若申诉无果，您可以根据律师或房产机构的建议，调整购房计划，如选择其他楼盘或贷款方式等。在整个过程中，务必保留好相关证据和文件，以备不时之需。